嵌入式技术研究所
主要研究方向：安全输入/输出技术，高可靠、高性能嵌入式计算，图形/图像与虚拟现实、人机交互技术、高性能异构并行计算等。研究所现有全职研究人员26人，专任教师22人，师资博士后1人，实验室人员3人。其中高级职称16人，博士学位的比例达到70%。
主要负责自主可控安全输入输出设备关键技术，火星任务中光谱/激光表面探测仪图像无损-有损联合压缩，物联网系统及应用-无线频谱监测、工业生产监控，和任务驱动的动态自演化嵌入式计算技术。
智能媒体与数据工程研究所
主要研究方向：数据与知识工程、智能媒体计算、大数据与智能计算、时空数据管理。研究所现有教师31人，其中教授10人，副教授12人。国家优秀青年基金获得者1人，省部级人才2人。
承担国家自然科学基金重点项目、优秀青年基金、国家重大专项课题、重点研发专项等省部级纵向课题30余项；横向课题70余项。近五年经费总额五千余万元。学术成果发表在SIGMOD、SIGKDD、VLDB、ICDE、IJCAI、等CCF A类会议上。多次获得国际会议最佳论文，并获SIGMOG 2015最佳论文提名。研究成果获陕西省科学技术奖，省高等学校科学技术奖，电子工业部科技进步奖，国家教委科技进步奖。
计算生物信息学研究所
主要研究方向：计算生物信息学，大数据分析，机器学习，药物挖掘，复杂疾病智能诊断等。研究所现有教师12人，其中教授3人，副教授7，讲师2人。团队2019年获得西安电子科技大学“三好三有”研究生导学团队。博士生胡宇轩，西电学子首发Nature子刊，杨晓飞获陕西省优秀博士论文，博士生叶育森获首届研究生校长奖学金。
研究团队在2003年起步生物信息学研，2012年创办西部地区首个“计算生物信息学研究所”，多位成员任职学会专委核心组织。在人才培养和学科建设方面，培养博士20人，硕士100余人，荣获“省级优秀博士论文”4人，建议“计算生物信息学”学科方向，支撑“双一流”计算机科学与技术学科。研究所积极承担纵向科研项目，包括国家自然基金重点项目3项，国家自然基金重大研究计划1项，科技部重点研发计划重点专项1项，国家自然基金面上及省部级20余项。获得多项科研奖励，获得了陕西省自然科学一等奖1项，教育部自然科学一等奖2项，陕西省自然科学二等奖2项，以及电子学会自然科学二等奖1项目。
软件工程研究所
主要研究方向：人工智能机器诊疗技术，航天系统软件关键技术，工业智能视觉检测技术。研究所现有教师14人，其中教授2人，副教授10，讲师2人，博士生导师1人，硕士生导师12人。“华山学者”特聘教授1人。
主要负责的领域有：（一）医学人工智能——依托国家重点研发计划，采用深度学习模型诊断先天性白内障，机器学习模型标注医学图像。（二）航天系统软件关键技术——国家科技重大专项子课题、国防基础科研项目和国防预研基金项目。国家科技重大专项子课题“XX总控与管理子系统”完成了质量体系认证现场审核并取得武器装备科研许可证，使我校我院首次在军用软件开发领域取得活动资格。于2014-2018年顺利通过ISO9001质量认证体系和GJB武器装备科研许可证年度延续审核工作，为我校多个项目组申请相关科研项目提供了活动资格支持。目前累计已成功协助申请多项科研项目，累计经费超过千万元。（三）工业智能——聚焦人工智能领域核心科学与关键技术，推进人工智能在工业智能、智慧园区等领域的应用落地。在Nature Biomedical Engineering、KDD、AAAI、ICDE、IJCAI等发表CCF A类期刊/会议等高水平学术论文20余篇。20余项各类项目，累计到校经费超过1000万元。
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